総会の議長は、理事長が務めます。理事長を議長としたのは、理事長が役職についていない組合員よりも組合運営や総会の進行に詳しく、総会の議事進行がスムーズに進むという考え方に基づいています。
議長により中立性を求める場合には、総会において、議長を選任する旨の定めをするという方法も考えられます。
規約に基づき理事長が議長となる場合には、議長を選任する手続きを経る必要はありません。一般には、規約の定めに基づき議長に就く旨を確認する宣言を行った上で議事に入ります。
議長は、議事を進行させ、整理する権限(議事整理券)を有します。例えば、出席者に発言を許すこともできますし、1つの議案の審議が合理的限度を超えて長時間に及んだような場合には、適宜質疑を打ち切り、採決へと議事を進行させることもできます。
また議長には、議事の秩序を維持する権限(議場の秩序権)もあります。したがって、規約では出席者の資格がない者であっても、質疑のために有用と判断した場合には、総会への出席を認めることもでき、議場を混乱させ、議事進行を妨げる出席者には退場を求めることもできます。